Vor allem bei warmen Temperaturen und starker Sonneneinstrahlung kann es schnell passieren, dass Wände und Boden des Schwimmbeckens plötzlich mit einer grünen und glitschigen Schicht bedeckt sind, die häufig auch das komplette Wasser grün färbt. In diesem Fall ist Algenbefall das Problem. Meist handelt es sich hierbei um Grünalgen, die durch einen falsch eingestellten pH- Wert oder durch Verschmutzungen entstehen können. Um sich überhaupt erst auszubreiten, benötigen diese Algen Nährstoffe im Wasser. Eine geringe Menge an Algen befindet sich eigentlich immer im Wasser, wird jedoch der Lichteinfall auf das Schwimmbecken erhöht, fühlen sich die Algen wohl und breiten sich daher rasend schnell aus. Ab einer Wassertemperatur von 27°C sollte daher besonders viel Wert auf die richtige Wasserpflege gelegt werden. Stille und stehende Gewässer sind eine optimale Grundlage für Algenwachstum. Daher sollte vor allem bei hohen Temperaturen darauf geachtet werden, dass das Wasser dank der Pumpe ständig in Bewegung ist und der Filter regelmäßig gereinigt wird, um nicht zu verstopfen. Denn dann können sich die organischen Rückstände, die im Wasser verbleiben, relativ einfach vermehren und zu Algenbefall führen.

Auch die falsche Dosierung an Wasserpflegemitteln kann dazu führen, dass das Poolwasser nicht richtig desinfiziert wird, die Keime nicht vollständig abgetötet werden und sich vermehren.
Ist der Pool jedoch bereits von Algen befallen, sollte zuerst der pH- Wert gemessen und auf einen Wert zwischen 7,0 und 7,4 eingestellt werden. Die Algen an Wänden und Boden werden danach mit einer Bürste entfernt und mit dem Poolreiniger abgesaugt. Anschließend wird die Filteranlage gereinigt und rückgespült. Um eine Schockdesinfektion des Wassers durchzuführen, wird dann eine Stoßchlorung mit schnelllöslichem Chlorgranulat durchgeführt. Ein Mittel zur Algenverhütung wirkt vorbeugend gegen erneuten Algenbefall. Außerdem sollte ein Flockungsmittel ins Wasser gegeben werden und die Umwälzpumpe sollte eine Weile im Dauerbetrieb laufen: Je nach Stärke des Algenbefalls zwischen 24 Stunden und einer Woche.